I personaggi e i temi rappresentati sono facilmente relazionabili con i piccoli telespettatori e sono progettati per rassicurare i bambini e facilitarne il loro rapporto con i dottori. Molte delle storie raccontate aiutano i genitori ad affrontare con i propri figli i problemi quotidiani legati alla salute, l’igiene e la medicina, infatti la serie animata è stata creata in collaborazione con USC Annerberg Norman Lear Center e i suoi esperti che hanno contribuito con i loro importanti consigli.
Quando Dottie usa il suo stetoscopio, accade qualcosa di magico, giocattoli, bambole e peluche prendono vita e lei può comunicare con loro compresi i giocattoli dei suoi amici e degli altri bambini del vicinato. Ad assistere Dottie nella sua clinica ci sono sempre i suoi adorati amici di peluche: l’orgoglioso Draghetto, l’affettuosa pecorella Bianchina, Hallie, ippopotamo infermiere allegro e premuroso, Squittino, pesciolino allarmista dalla voce squillante e il pupazzo di neve Nevino che passa molto tempo in clinica per i suoi check-up. Che si tratti di una cucitura allentata, batterie scariche o una piccola crepa Dottie e i suoi assistenti sono lì a dare una mano trasmettendo ai giovani telespettatori l’importanza di prendersi cura di se stessi e degli altri.
Dott.ssa Peluche celebra i valori della famiglia, che nella serie è rappresentata chiaramente attraverso la mamma di Dottie, dottoressa su cui poter contare e a cui chiedere conferma delle diagnosi, il papà, chef che prepara squisiti pranzetti per Dottie e il suo fratellino di quattro anni, Donny. Come tutti i fratelli più piccoli, Donny guarda la sorella con grande ammirazione e anche se non è a conoscenza delle capacità di Dottie di parlare con i giocattoli, lui sa che lei è il miglior medico in circolazione per gli animali di peluche e giocattoli.
La musica gioca un ruolo di primo piano ne Dott.ssa Peluche, infatti ogni episodio presenta una canzone originale che riepiloga la lezione che la protagonista e i suoi amici imparano quel giorno, come lavarsi le mani, mettersi il pigiama, mangiare sano e tanto altro.